长垣，因战国时之首垣邑而得名。长垣，西周时属卫国。春秋时为卫国的蒲邑、匡邑。战国时魏国并匡、蒲，置首垣邑。秦置长垣县，隶三川郡，隋开皇间改日匡城县，以县南古匡城得名。后或日长垣，或日匡城，或日鹤丘，多次反复，县治亦因河患而时有迁徙。

自赵宋易鹤丘复长垣后，名遂不变。长期隶开封府，金泰和间以隔河不便，改隶大名路开州，直至清末。民国后为直隶省属县。解放后，1952年撤平原省，此县划归河南省濮阳专区，1954年划归安阳专区，1985年划归濮阳市，1986年为新乡市辖县。