手足口病由肠道病毒感染而发病，但是多样性症状、重症/危重症患者的发病机制目前还不完全清楚。一般认为，病毒通过消化道或呼吸道侵入机体后，主要与咽部和肠道上皮细胞表面相应的病毒受体结合，病毒和受体结合后经细胞内吞作用进入细胞。肠道病毒主要在扁桃体、咽部和肠道的淋巴结大量复制后释放入血液，引起相应组织和器官发生一系列炎症反应，少数病人由于病毒在靶器官广泛复制而引起重症感染，可引起多种并发症。