两者都可以使用，但发愤努力更常用，两者也有一定的区别。

两者意义有别：“发奋”指振作起来，如发奋努力、发奋有为等；“发愤”指决心努力，如发愤忘食、发愤图强等。“发奋”强调精神振作；“发愤”突出精神受到刺激而产生向上的内动力。

两者范围有别：“发奋”使用的范围要比“发愤”大，“发奋”可以指个人，也可以指群体或国家；而“发愤”一般指个人。

两者功能有别：“发奋”可以说“奋发”；如“发奋努力”可以说“奋发努力”，“发奋图强”可以说“奋发图强”，而“发愤”则不能说“愤发”。