首先，x射线的波长并不比电子波长短，x射线衍射仪所用的x射线波长都是A量级，而电子波长可以到0.01A量级。第二，x射线不好聚焦，导致光斑很大，无法进行微区分析，而电子可以很好的控制使其光斑大小达到几个nm尺度。第三，穿透力强不总是优势，因为本质上我们要分析射线和物质的作用，并不是越能穿透物质越好。