第八阿赖耶识独立躯体并不存在，独立躯体主要是指根本识，其他识的起源。唯识论认为，阿赖耶识中藏有无数的种子，可以引发人的善恶行为（主要指思维活动）。自无始以来，阿赖耶识就有净、染、万有种子，对待万物待缘而起这一真理不明了，故称作“无明”。此“无明”是产生其他无明的根本，所以又称为“无始”（根本）无明，并由此产生人、法二我执等烦恼的枝末无明，而这一切都是阿赖耶识的本能状态。当阿赖耶识摆脱了人、法二执，破除见思、尘沙、无明之惑后，就脱离一切虚妄而证得真如的不生不灭、不垢不染、无性无相的法性真实境界。阿赖耶识转染成净即是真如。