怀孕三个月离婚协议首先，写明男方和女方的姓名等具体联系方式；其次，写明双方于什么时间在哪里登记结婚，因为什么原因而离婚，双方是否还有和好可能。是否双方都自愿情况下离婚；写明协议的具体内容，包括财产分割等；最后，写明孩子抚养权归属以及违约责任。

根据《婚姻法》第25条规定，“男女一方要求离婚时，可由有关部门进行调解或直接向人民法院提出离婚诉讼。”