甘肃合作医疗在手机上缴费，需要咨询当地新农合办事处，看是否有推出相应的可供缴费的手机应用，或者是否与银行有合作推出手机银行缴费渠道。

另外，参保人员可以通过支付宝、微信，进入社保缴纳页面，看当地是否支持社保医保缴费。

若是没有手机上缴费的渠道，参保人员可以自行到新农合办事处缴费，或者将费用交给村干部。