第一，肠道内有寄生虫，特别是蛔虫，它靠吸收人体内的营养而生存。它在人的肚子里活动起来，除了使人肚子痛、恶心、呕吐，严重者患肠梗阻外，有时还会使人夜间磨牙。

第二， 白天过于疲劳或精神过于激动，特别是孩子玩得太累，入睡后大脑皮层没有得到完全的休息，部分神经仍处于兴奋状态，也会入睡后磨牙。

第三，胃消化不良，胃的消化功能因某些原因如胃病等，不能有效地消化食物，以致睡觉后磨牙。