方法一：采取保守治疗，幼儿直肠脱垂多可自愈故以非手术治疗为主。即随着小儿的生长发育，骶骨弯曲度的形成直肠脱垂将逐渐消失。如纠正便秘，养成良好的排便习惯，排便时间应缩短，便后立即复位。

方法二：采用注射疗法，如果短期内再发，患病时间较长，使用上述方法仍不见效，可用注射疗法方法，注射途径可经肛门镜在直视下将药物注射到粘膜下层，使粘膜与肌层粘连;或经肛周皮肤在直肠指诊下做直肠周围注射，使直肠与周围粘连固定。

方法三：还可以采用手术治疗，一般当病情较为严重的病人需手术治疗时。手术方法很多，大多经开腹将直肠悬吊固定而达到治疗目的，优点是治疗效果好，缺点是需开腹，创伤大。