h2受体拮抗剂的化学结构上由三部分组成：碱性芳杂环或碱性基团取代的芳杂环；含氮的平面极性基团；易曲绕的四原子链。

碱性芳杂环或碱性基团取代的芳杂环为活性必须，可形成阳离子，与受体上的阴离子部位结合；含氮的平面极性基团可通过氢键与受体结合；连接基团多为易曲绕旋转的柔性四原子链，以含硫为佳；为增强分子的脂溶性，改善吸收，可引入疏水性基团增强脂溶性。