方法一：扁平疣治疗方法与药物较多，目前常用抗病毒药物，如酞丁胺涂剂，阿昔洛韦药片与软膏，左旋噗唑药片，维甲酸制剂内服与外涂，以及5-氟尿嘧啶软膏涂抹患处等 ，这些药物的治疗效果因人而异。

方法二：口服中药。由于从口服到内脏吸收到达皮肤，药力损耗大，这种口服中药运用扶正祛邪的原理，不是直接杀灭病毒，所以效果并不理想，并且要长期连续服用几十天，一般人很难坚持。

方法三：普及卫生宣传，养成良好的卫生习惯，避免使用患者物品用具，防止间接传染。注意防护，避免外伤及皮肤破损，对皮肤粘膜破损处应妥善处理，防止病毒乘虚而入。