代理记账合同应当注意：代理记账机构必须是在工商局正规登记注册的有限公司;代理记账机构必须具有财政局下发的《代理记账许可证》;代理记账机构应当与委托单位签订正式的委托代理合同;代理记账机构收费要合理且明确等问题。

《合同法》第三百九十九条规定，受托人应当按照委托人的指示处理委托事务。需要变更委托人指示的，应当经委托人同意;因情况紧急，难以和委托人取得联系的，受托人应当妥善处理委托事务，但事后应当将该情况及时报告委托人。