正交与反交是一组相对概念。若甲为母本，乙为父本间的交配方式称为正交，以甲为父本，乙为母本的交配方式称为反交。若正反交的下一代性状不一致，则有可能是细胞质遗传或者基因位于性染色体上。若下一代的性状一致则位于细胞核内的常染色体。

正交和反交的母本不同，所以子代的表现型不同，细胞核遗传是由母本和父本共同决定，子代的表现型在正交和反交中表现一致，因为正交和反交中子代的基因型相同。