建行企业同行网银可以代发工资代扣款项，但是如果跨行可以跨行代发，但不能跨行代扣。建行企业网银需签约建行企业网上银行高级版，要求在柜台已经开通代发工资功能，且已通过企业网银主管设置了代发代扣流程。如果开通的是跨行代发工资项目，需将收款账户开户行填写清楚及完整，要求填写银行名称+具体市+具体开户网点。

建行企业网银进行跨行工资代发，需制单员登录企业网银，点击代发代扣，填写跨行转账信息后进行批量制单。上传代发文件后复核员会登录核对代发信息选择审批通过或不通过，最后由最后一级复核员进行确认后完成工资的跨行代发。