1、天然的提取物不同：山莨菪碱由唐古特莨碱提取，东莨菪碱由洋金花提取。

2、化学结构不同：东莨菪碱为左旋体，山莨为右旋体或消旋体，左旋比右旋体的作用强。

3、在抗M胆碱受体的作用选择性不同：山莨菪碱与阿托品相似，对腺体，眼，平滑肌及心肌的作用强，但对唾液及扩瞳和中枢神经作用要弱。东莨菪碱主要表现较强的是中枢神经，经常用于预防晕车。