大蒜的底肥以有机肥为主。常见的有机肥有圈肥、鸡粪、鸭粪、厩肥、堆肥、饼肥等。基肥的施用量是否充足，直接关系到大蒜蒜头的商品性和植株的越冬性能，因此在生产上应施足基肥。基肥的施用量应根据大蒜的目标产量和单位面积产量的需肥量等多种因素综合考虑确定。有条件的可施用棉籽饼等饼肥50-100公斤。配合有机肥作基肥施用的化肥通常有过磷酸钙、氮磷复合肥、氮钾复合肥或三元复合肥等。