常见藻类的防治褐藻或硅藻及时调整好光照强度、温度及营养盐浓度, 使水草能正常生长, 这种硅藻就会自动消失了。 绿藻比较有效的办法是在水族箱中放入几条黑壳虾、黑玛丽或青苔鼠,不给它们喂鱼饵, 它们就会将这些绿藻吃干净。蓝绿藻蓝绿藻会分泌有毒物质, 如果发现应该及早地用虹吸管将它们吸干净。红藻类放入一些食苔鱼也是一种非常有效的办法,例如, 青苔鼠、黑线飞狐对须状藻类特别有效。