绝大部分蛋白尿患者都有肾小球疾病，需要用糖皮质激素来治疗，若效果不佳，还需要使用环孢素、他克莫司或者是吗替麦考酚脂等免疫抑制。若较严重可用利妥昔单抗等生物制剂来治疗。

蛋白尿患者治疗的疗程需要根据其对药物的反应来进行分析，针对肾病综合症患者，会有激素敏感、激素依赖以及激素耐药等不同的表现。若患者激素耐药则预后欠佳，出现肾功能衰竭时，还需要进行透析治疗。而部分蛋白尿患者则对药物较为敏感，很快就容易痊愈，这些患者有些还可以采用中草药来治疗，也会取得相应的一些治疗效果。