对于轮状病毒或诺如病毒感染所引起的或呼吸道病毒感染累及到胃肠道，一般可以使用利巴韦林或更昔洛韦等药物进行抗病毒治疗。需要注意的是病毒感染是否合并有细菌感染，此时需要完善大便相关的病原学检查，如果合并有细菌感染可能，还要加用相关的抗生素，如左氧氟沙星或头孢类的抗生素进行联合的治疗。

临床上如果肠道有病毒感染，多半考虑可能存在着病毒性胃肠炎，此时病人可以出现有发热、腹痛、腹泻的表现。