公鸡半夜叫鸣是由内在的生物钟控制的，公鸡对于光刺激的一种本能反应。或者是因为公鸡受到了一些刺激。

改变了光照和黑暗的周期时，公鸡表现出了如同人们跨大时区飞行后的时差现象。这是由于鸡的生物钟，就如同人的生物钟一样，受到夜晚时分泌的褪黑素影响。同时，公鸡打鸣和鸡的雄激素也有关，阉鸡和母鸡不会打鸣正是由于它们没有雄激素，如果给母鸡注射雄激素，母鸡也会开始打鸣。