日本以岛屿为主。日本国的领土由北海道，本州，四国，九州等四个大岛和许多小岛组成，根据日本海上保安厅水路部2000年公布的调查结果，日本共有海岸线在100米以上的岛屿6852个，如果加上海岸线在100米以下的岛礁。

日本境内多山，山地成脊状分布于日本的中央，将日本的国土分割为太平洋一侧和日本海一侧，山地和丘陵占总面积的71%，国土森林覆盖率高达67%。富士山是日本的最高峰，海拔3776米。日本的平原主要分布在河流的下游近海一带，多为冲积平原，规模较小。