食物一般吃的微生物多属于真菌界担子菌亚门层菌纲(Hymeno—mycetes)，如银耳、木耳、蘑菇、灵芝等。层菌纲中最常见的一类是伞菌类其他例如腐乳用红曲霉发酵，米酒用酒曲（含曲霉、酵母），果酒为酵母发酵，果醋采用醋酸杆菌，酸奶采用乳酸菌双歧杆菌，这些在加工过程中采用的微生物也可能混在食物中，这一点在酸奶上更明显。