肝脏损害：抗菌药物吸收后在肝脏代谢，故肝脏易受抗菌药物损伤肝脏；肾脏损害：药物经肠道吸收后均以原型或代谢物经肾脏排泄，故肾脏易受到药物损害；神经系统损害：中枢神经系统、听力、视力、周围神经系统病变以及神经肌肉传导阻滞作用等；血液系统损害：各类抗菌药物在长期和大量应用时都可以影响血细胞的生成，致血细胞减少，包括白细胞及粒细胞减少、血小板减少及全血系统减少即再生障碍性贫血；消化道反应；二重感染或菌群失调；过敏反应，此反应最严重或最常见，为抗原和抗体相互作用而致。