低聚果糖是由1-3个果糖基通过β(2—1)糖苷键与蔗糖中的果糖基结合生成的蔗果三糖、蔗果四糖和蔗果五糖等的混合物。这种混合物是从水果、蔬菜中提取的，主要存在于水果蔬菜中的细胞壁中。低聚果糖最初由日本明治制果株式会社首次生产时，是蔗糖低聚果糖，之后在欧洲生产出菊苣低聚果糖，再后由凡秘能生产出菊芋低聚果糖。