改善土壤养分供应状况：微生物肥料主要通过各种菌剂促进土壤中难溶性养分的溶解和释放改善了土壤中养分的供应情况、通气状况及疏松程度；促进作物生长：微生物肥料的使用，促进了刺激素即植物生长调节剂的产生，调节、促进作物的生长发育。微生物菌剂的使用，可以促进赤霉素、生长素和其他活性物质的产生；增强作物抗病抗逆能力：微生物肥料中部分菌种具有分泌抗菌素和多种活性酶的功能，抑制或杀死致病真菌和细菌。