不起诉和免于刑事处罚的不同在于性质不同，免予刑事处罚是针对的对象是已经构成犯罪，不起诉的对象则包括不构成犯罪、指控犯罪证据不足或存疑等人。作出机关也不同：免予刑事处罚由法院作出，而不起诉决定则由检察院作出。对于二次补充侦查的案件，人民检察院仍然认为证据不足，不符合起诉条件的，应当作出不起诉的决定。