日本最好的医学院属京都大学和东京医科齿科大学。

京都大学，是一所本部位于日本京都市左京区的国立研究型大学，是在日本仅次于东京大学的学科齐全、规模宏大的国立综合大学。京大校友包括5名诺贝尔奖得主、2名菲尔兹奖得主、2名日本首相以及4名芥川赏得主。2018年2月，2018泰晤士亚洲大学排名发布，日本京都大学排名第11位。

东京医科齿科大学，位于日本东京都文京区，是日本著名的国立大学。于1928年建立，1946年开设大学教育。其齿学部是日本最早成立的公立牙医学教育机构，也是旧六齿科大学之一，2004年4月成立国立大学法人。现在，东京医科齿科大学拥有2个学部、2个研究科、2所图书馆、2所附属医院，以及众多的研究机构 。2018年2月，2018泰晤士亚洲大学排名发布，东京医科齿科大学排名第60位。