历史记载秦琼有两个儿子和三个孙子。两个儿子一个姓名不详，官至右卫左郎将，娶尉迟宝琳女。一个名为秦怀道，生于625年，死于684年2月21日，字理，秦琼死时秦怀道14岁。

记载有三个孙子，分别为秦景倩，越州山阴县令。秦佾，出生年不详，死于698年，潞州司法参军。秦利见，许州鄢陵县丞。

秦琼，字叔宝，齐州历城人，隋末唐初名将。唐统一后，秦琼久病缠身，于贞观十二年病逝。生前官至左武卫大将军、翼国公，死后追赠为徐州都督、胡国公，谥曰“壮”。贞观十七年被列入凌烟阁二十四功臣。