蚯蚓的天敌很多，如田鼠、蟾蜍、蛙类、蚂蚁、蝼蛄、黄鼠狼、鸟、蛇、水蛭、蜈蚣等。

一只250克的蟾蜍一晚上可吞食蚯蚓50克，蚂蚁、蝼蛄既拖食卵茧，又能残食孵化的幼蚓。

针对蚯蚓养殖环境与天敌的特点，采用竹篱、砖墙、密眼网圈围的方法以防个体较大的天敌进出，起到安全隔养的作用。

对于个体较小的蝼蛄、蚂蚁，则采取有毒诱饵召集、蚓床四周分点布药等方法清除。