木耳养菌室应该根据气温情况和菌丝体生长情况灵活掌握室内通风换气的时间和次数，在室内形成空气对流即可。具体方法如下：

1、首先应该根据养菌室的清洁度进行通风，每天打扫养菌室并在打扫清理时适当通风，避免让养菌室空气过于浑浊；

2、其次应该根据养菌室内的温度进行通风，从而让养菌室保持适宜的温度，防止高温，高湿现象的出现；

3、最后应该七天左右检查一次菌丝体生长情况，如若发现问题及时处理。如若菌丝体生长正常则可正常通风，反正则停止通风将问题处理完毕再可通风。