是指基因之间没有遗传效应的DNA片段。内含子是位于基因表达区的非编码序列，分割外显子，在转录后的加工中，从最初的转录产物除去的内部的核苷酸序列。术语内含子也指编码相应RNA内含子的DNA中的区域。内含子可能含有“旧码”，就是在进化过程中丧失功能的基因部分。正因为内含子对翻译产物的结构无意义，它比外显子累积有更多的突变。一个是RNA在转录本上,一个是DNA。