清华大学国家重点实验室共有13个，分别是：化学工程联合国家重点实验室，环境模拟与污染控制联合国家重点实验室，低维量子物理国家重点实验室，膜生物学国家重点实验室，精密测试技术及仪器国家重点实验室，集成光电子学国家重点实验室，微波与数字通信技术国家重点实验室，智能技术与系统国家重点实验室，水沙科学与水利水电工程国家重点实验室，摩擦学国家重点实验室，汽车安全与节能国家重点实验室，电力系统及发电设备控制和仿真国家重点实验室，新型陶瓷与精细工艺国家重点实验室。