对比形成的mRNA序列与所对应基因序列的长短，如果前者短，后者长，则有内含子，如果一样长，则没有内含子。

内含子是指在mRNA加工过程中被剪切掉的部分，在成熟mRNA中不存在的部分。大多数真核生物的基因都有内含子。需注意的是，在古细菌中也有内含子。在转录后的加工中，从最初的转录产物除去的内部的核苷酸序列。术语内含子也指编码相应RNA内含子的DNA中的区域。