该学院现有机电工程系、电气工程系、冶金与材料工程系、水利与土木建筑工程系、信息与管理工程系、继续教育学院、教学实习部等9个教学系部，目前有在校生的专业25个已批准33个专业，基本形成了制造类、材料与能源类、水利类3个专业群。

内蒙古机电职业技术学院是经自治区人民政府批准、教育部备案的公办全日制普通高等学校，为是国家骨干高职院校、国家首批现代学徒制试点单位之一、国家数控技术应用专业领域技能型紧缺人才培养培训基地。