大蛇丸自幼父母双亡，六岁在忍者学校毕业后，与自来也、纲手一同成为猿飞日斩班的成员。

他被第三代火影评为“是个才华洋溢的少年，数十年才出现一个的天才”，因此得师父器重，也让自来也对其产生嫉妒之意，认为“猿飞老师心中只有大蛇丸一个”。因此在年幼时，他跟自来也的关系一直处于互相支持，同时也互相竞争的状态。

因为看到了父母及同伴一个个的死亡，本性善良的大蛇丸感觉受到了生命的脆弱，感觉到人生的短暂，而大蛇丸本身热爱研究 ，所以便开始研究不老不死之术以及复活死者的术。