1828年，摩尔根在总结他20余年研究果蝇的成果基础上，写出了他的遗传学名著《基因论》。在书中，摩尔根主张遗传物质基因是一种颗粒体，象念珠一样按照一定的次序排列在染色体中；染色体是遗传基因的物质承担者，每一个基因都在染色体里占据一定的位置，都能在细胞分裂期间将自己按照翻板的方式从一变作二。与此同时，他还阐述了基因的连锁和互换规律，解开了生物变异之迷，弥补了达尔文进化论的不足，为人们杂交育种指明了方向，为预防遗传性疾病提供了理论。