洋葱留种子方法有杂交制种和常规留种二种，一般采用常规留种这一方法。洋葱留种的时间较长，要经两年多时间才能收获种子，第一年秋育苗，第二年秋栽葱头种，第三年夏收获种子。首先严格选好葱头种（鳞茎），挑选株型纯正、假茎较高、粗细适中、叶片浓绿、长势旺盛、葱头膨大较快、球茎较粗大和种球表皮光滑的葱头作为留种用（裂葱球、假茎粗、颈部和四周向下凹陷的葱头，易腐烂，不宜留作种子用）；当洋葱下部第１—２片叶黄、假茎变软，地上部分开始倒伏，鳞茎外层鳞片变干时，选择晴天，连根拔起种株，实行单收、单凉干、单挂藏。