那曲虫草和青海虫草的区别在于虫体颜色，西藏的那曲虫草，虫体的颜色是棕黄色，主要以黄色为主，色泽比较亮，虫体的眼睛主要是棕色。青海的玉树虫草，虫体的颜色也是棕黄色，但颜色比那曲的要略深，显得有点黑，没有那么亮，感觉表面上像有层灰一样。玉树产的虫草，虫体的眼睛一般是黄色。

西藏的那曲虫草，由于温度更适宜蝙蝠蛾幼虫生长，所以一般的那曲虫草个头都比较大，显得虫体比较肥，但重量与相同大小的玉树虫草比较，略轻一点。同样重量的玉树和那曲虫草，玉树的个体相对于那曲虫草略小一点，但它更紧实更僵硬，那曲的相对来说更膨松。