低聚果糖和水苏糖都是属于功能性的低聚糖，但目前认定水苏糖是已知的最好的微生态制剂，与其他的低聚果糖比较，水苏糖对双歧杆菌的增殖效果最好，同时它还具有其他低聚糖类产品所没有的功能，水苏糖可以分解产生多重免疫功效因子，具有提高人体免疫力的作用。低聚果糖增殖双歧杆菌的效果差，因为低聚果糖同时还可能被肠道内的其他部分细菌分解利用，有副作用，而且低聚果糖内的葡萄糖和蔗糖对糖尿病人食用受限，很多服用后会有胀气打嗝的现象。