这个违约金绝对是少不了的，考上研究生如果你上的话本来就是一种违约，公司要找一个人比你找一份工作不简单，他们一般都是用这个作为制约你的一个条件，就算没说也绝对是会收的，那个协议上面应该在背面贴了一个公司带来的条子吧，那上面就有要交违约金的协议，不过一般都不说具体交多少的。

至于你说的档案，那是不会由他们抽走的，那个都是由你自己办理的，包括户口，团员以及学籍档案，都是你自己提的，所以这个你可以放心。