肥水对玉竹的产量至关重要，越多越好，特别是钾肥，但氮肥过多会使其杆叶太嫩，易患病虫害。

下种时，于种苗和覆盖的稻草层的中间层施人畜粪肥1500至2000公斤每亩（肥料与种苗间隔薄土，以免灼烧种苗，必要时增施复合肥50至150公斤每亩）。次年8至9月于枯苗后，砍除枯苗，扯除杂草，再施以猪牛粪肥1000至1500公斤每亩，并加稻草和新草覆盖。有条件或土地太瘦时，可于每年清明节苗出5厘米后增施农家肥或复合肥。同时清沟沥水，防止沤根。