南书房：是清代皇帝文学侍从值班之所，皇帝每外出巡幸亦随扈。皇帝即兴作诗﹑发表议论等场所。进而常代皇帝撰拟诏令谕旨，参预机务。

军机处：是清朝官署名，也称军机房、总理处。是清朝时期的中枢权力机关，乾隆帝时期复设军机处，从此成为清朝的中枢权力机关，一直到清末。

区别：南书房设立于康熙朝，原只是康熙读书的地方，后演变为拟召，谕旨，处理军国大事的地方。待雍正朝成立军机处后，实权更归军机处，至光绪年间撤销；军机处成立于雍正朝，设在靠近养心殿处，方便皇帝及时了解军国大事，后演变成清廷最高权力机构，军机大臣更成为了帝国的当权者。