主要区别为杀菌方式不同。

高温杀菌：超高温杀菌乳是将牛乳加热至137～150 ℃ 保持 4 ～ 20s以达到商业无菌的加热方法。

巴氏杀菌：巴氏奶是低温杀菌牛奶，原奶中的有害微生物都已杀死，但还会保留一些其他微生物，因此这种牛奶从离开生产线，到运输、销售、存储等各个环节，都要求在4℃左右的环境中冷藏，因此巴氏奶也叫冷藏奶。