纯合子和杂合子的区别是纯合子是二倍体中同源染色体上相同位点等位基因相同的基因型个体，杂合子是指二倍体中同源染色体同一位点上的两个等位基因不相同的基因型个体。纯合子不会由于自交而分离出具有不同遗传因子的个体，因此，育种材料总是纯合的，保持其性状不变。杂合子自交可以得到纯合子。显性纯合子是指同源染色体上两个显性等位基因型完全相同的个体，全部用大写字母表示，如AA和AABB。隐形纯合子是指同源染色体上两个隐性等位基因型完全相同的个体，全部用小写字母表示，如aa和aabb。