蝙蝠主要是携带狂犬病毒等，不过是通过体液传播的，并不是直接接触，所以一般表面接触不会感染。但是蝙蝠的生活环境有可能会有病原体。

蝙蝠身上还寄生着一些在世界范围内有着最高致病性的病毒，其中包括埃博拉病毒和SARS病毒。

它也可用作一种中药，用于久咳，疟疾，淋病，目翳等。它的粪便也是一种中药，叫夜明砂，用于目疾。