口袋妖怪去第三周目需要先完成5个任务。分别是：

1、回顾第一周目的提示，进入赤焰松反派的剧情，捕捉比库缇尼；

2、在琉璃岛潜水下去，进入洞穴，完成反派水梧桐的剧情，捕捉玛菲娜；

3、进入冥想殿堂，完成板木的剧情，捕捉超梦；

4、前往大挑战区，完成父与子的剧情，捕捉冰龙；

5、进入觉醒神殿会会出现时空洞穴，完成赤目的剧情。

完成以上5个任务后，在家出发，向右走，坐船可到达第三周目。