梯度PCR是为第一次使用某条引物，为了摸索最佳退火条件设定，拿到引物时，会得到建议的Tm值，由于两条引物不同，可算出一个退火温度，但这个退火温度不一定是最佳反应条件，因此可以设定退火的梯度，最常用的为10℃，这样每一个反应都有一个退火温度，最后电泳时，可以观察到在哪一个退火温度下，PCR产物产量和特异性都有保证，这样后面就可以选这个温度进行试验，但是对于已经有最佳条件的引物，或反应体系，不需要做梯度PCR。