南苏丹位于非洲东北部，是内陆国，地处北讳4到10度线之间，东邻埃塞俄比亚，南接肯尼亚、乌干达和刚果民主共和国，西邻中非共和国，北接苏丹。东部、南部、西部边境地区的丘陵与山地使南苏丹地形呈槽型。地形平坦开阔，多为黏土质平原，南部边境的基涅提山，海拔3187米，为全国最高峰。南苏丹拥有大片草原、湿地，靠近埃塞俄比亚的博马自然公园、靠近刚果(金)边界的南部国家公园以及非洲最大的沼泽地--苏德湿地公园，都是非洲著名的生态保护基地。