主要有：第一临床医学院、第四临床医学院、基础医学院、护理学院、医政学院、公共卫生学院、药学院、口腔学院、外国语学院、国际教育学院、康达学院、继续教育学院等。

南京医科大学江宁校区位于江宁大学城东北部，背靠东山镇，东邻宁杭高速公路、高速铁路,北侧是天元路、104国道，西侧是大学城60米景观大道。附近有宁杭高速、绕越公路出口；地铁一号南延线出口(位于正大门)和江宁长途汽车站，距离南京火车南站约10公里，交通便捷。校区呈长方形，占地约1470亩。