马来群岛北部属于热带季风气候，南部属于热带雨林气候。

热带季风气候：热带季风气候终年高温，年平均气温在22摄氏度以上，最冷月一般在16摄氏度以上冬半年。旱雨季明显，降水集中在雨季，且降水量大。季风显著且盛行热带气旋。

热带雨林气候：全年高温多雨。天气单调。全年受赤道海洋气团控制，风力微弱，季相无变化，基本每日上午闷热晴朗，接着积云越积越厚，午后则暴雨倾盆，雨后天气稍凉。